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游戏一开始，NEO身处一个虚拟空间中，这里会不断冒出敌人。实际上，这只是让玩家熟悉操作的步骤，等到你被击败后，游戏才会正式开始。（注意：此时电脑会根据玩家的表现来评估适合的游戏难度）

第一关

就像电影情节一样，第一关描述的是特工抓捕NEO的故事。本关类似于MGS的潜入类型关卡，不需要击杀敌人。根据游戏中提供的提示（画面上会有闪光的地方）前进，进入一个办公室，打开窗户来到室外，乘坐升降机上楼。当升降机停下后走出来，会触发一段小剧情，之后出现一名警察，将他推下楼，然后沿着墙边继续走，小心不要掉下去，再次乘坐升降机到楼顶，会出现很多警察，把他们推倒，然后迅速进入门内。这里要注意，一旦被警察抓住，立即按键挣脱，动作慢了就会游戏结束。进入门后沿着楼梯一直向下走，来到一个房间，这里有3个警察，小心不要被抓，从房间右侧的紧急出口向下跑，来到NEO的办公室，继续跟随提示跑到终点，本关结束。

PS。本关设计相对人性化，对于不擅长潜入类型的玩家，被抓住一次后可以直接跳过此关。

第二关

从这一关开始的几关都讲述了NEO如何学习武功。虽然在电影中，NEO只是翻了几下白眼就说（I KNOW GONGFU），但游戏制作团队将NEO学习功夫的过程以关卡的形式详细呈现给大家。本关开始时，NEO华丽登场，打扮成了DOA中的"李剑"，并且打斗动作也相似。根据游戏的教学提示一路击败敌人，中间没有分支，直到BOSS战。

BOSS战：很简单，绕到后面，发动FORCE，用三招就能解决，但要注意不要被抓到。解决后，本关结束。

PS：从这一关开始，每关开始前都可以选择FORCE，选择时可以按X键查看这个FORCE的功能和发动方法，并有动画展示。

第三关

本关教授玩家如何使用格斗武器，一开始玩家就手持一把日本刀，并且会得到新的FORCE。根据教学提示将本关的敌人全部消灭即可。

第4关

一开始就进入BOSS战，对手是个日本武士，刀法高超。要多运用刚学到的FORCE技能，过一会儿催尼缔会前来助战。BOSS会使用影分身术，但分身不强，两人合作可以轻松应对。接下来进入关卡的下半部分，最初是在一个庭院中，快速击败几个敌人后进入房间，房内有BOSS，但暂时无法击败他。跟随他前行，他会设置火墙，利用FORCE并按X键可以跳过。一路上会有小兵骚扰，全部消灭后，进入最里面的房间进行BOSS战。这个BOSS是个BC，没有固定的打法，随意对付他即可。

第5关

这一关非常搞笑，场景设在一个中国的小酒馆内，任务是在限定时间内获得尽可能高的分数。接着EG开始，从门外冲入一群斧头帮的成员（外貌与某电影中的相似），并喊着"我要宰了你"（绝对是中文发音），拿起旁边的斧头与他们对战，坚持到时间结束即可过关。需要注意的是，后面会出现投掷飞斧的敌人，需要小心应对。

第6关

本关同样是教学关，但只能使用射击武器，场景仍然在中国。一开始就会出现BOSS，但暂时无法击败。跟随他在整栋楼内多次追逐，最终到达顶楼才能击败他。本关的敌人也全部持枪，火力很强，要多使用FORCE来躲避子弹。在打BOSS前，先清理掉周围的小兵，如果你的HP剩余一半以上，就可以和BOSS硬拼了。

第7关

终于来到电影中最精彩的剧情之一，摩非斯对战NEO。摩非斯攻击力强，被他连续攻击可不是闹着玩的。使用战术可以快速解决他。击败他一次后，他会恢复满血，再次与你交手，并给你新的FORCE。再次打败他后，进入下半部分，你必须比他先到达电话所在的位置。路上需要跳过几个坑，还要攀爬。使用FORCE加跳跃可以轻松通过。难点在最后一面墙，因为墙很高，双段FORCE也无法到达，必须先贴着右边或左边跑，跳到正面墙上，然后再跳到旁边的墙上，如此反复三次即可。

第8关

到了这一关，游戏才真正开始。摩非斯带NEO去见先知，返回的路上被围捕。最初NEO就与大家分开了，得到新的FORCE可以打破带裂缝的墙壁。本关就像迷宫一样，大家要多注意墙壁，看到裂缝就打破才能开辟新路径。路上的敌人全是持枪警察，想怎么打随玩家选择，个人推荐近战。

在顶楼的剧情中，摩非斯为了让大家撤退，面对特工，NEO带领众人逃跑。途中遇到的警察全被打倒后，会发现C4炸弹，根据催尼缔的提示放置并引爆。当来到第二根柱子时，NEO刚刚放好炸弹，却被迫与队友分开，此时千万不要引爆炸弹，否则会有危险。在队友说完话后，剧情继续发展，出现一个无法击败的特工，他即使被打下台也不会死。尽量与他周旋一段时间，之后队友会炸开墙壁，立即用FORCE跳过去，继续剧情，顺路前进，消灭沿途敌人，到达出口，本关结束。

第9关

这是经典剧情之一，尼欧和催尼缔前去救摩非斯。最初在大堂内会出现成群的敌人，不过他们都很容易对付，各位可以自由地展示技巧。一共会有三批敌人增援，第三批中有四个小BOSS，但都不难应付。消灭所有敌人后，进入下半部分，在楼顶战斗。特工会多次出现，普通攻击对他无效，必须把他推到高压电上或打下楼才能击败。同时，敌人会不断增援，加上时间限制，使这一关变得非常具有挑战性。在消灭一定数量的敌人后，剧情会触发，出现30秒倒计时，这时需要无视周围的敌人，直接奔向直升机方向，在大楼边缘时立刻发动FORCE二段跳，跳上飞机。

接下来是最难的部分，在飞机上用机枪消灭屋顶的敌人。打了一会儿后，敌人的飞机会出现，此时摩非斯的HP开始警报。要注意，会有特工出现，必须用FORCE射击来打败特工，千万不能扫射，否则会误伤摩非斯。在摩非斯逃跑时，旁边还会有一个特工出现，大家要注意。击落敌机并消灭楼房内的敌人后，救出摩非斯，剧情继续。然后是NEO与SMITH的对决，注意他是无法被彻底打败的，会不断恢复HP，必须像原作那样把他推到地铁轨道上让地铁碾过。之后便是逃跑，沿路一直向下走，到达指定地点本关结束。

第10关

本关开始于一个奇怪的地铁站，向前走会发现地铁到来，但需要车票。返回楼梯处，会看到空中漂浮着许多闪光物，按L2可以拿到车票。上车后一直向后走，到第三节车厢时要小心不要掉下去，进入第四节车厢看到电话，此时需要使用FORCE才能过去。通过电话得知要找到正确的门才能离开。回到第二节车厢，在墙上有一个开关，按下去可以停车。这时需要反复进入车厢以确保车厢处于正位，然后在听到列车员说话时立刻按下开关，找到正确的门。出来后是另一个地铁站，SIMITH和大量杂兵出现，此时不要恋战，看到火车过来马上跳上去逃跑，因为杂兵是打不完的。下火车后上楼梯，再次展开逃亡，不需要战斗，沿路跑就行，只有一条路，所以不会迷路。跑到303房间后触发剧情，NEO力量觉醒，开始对付三个特工，结束后本关完成。

第11关

本关开始可以选择关卡，地图总共有五块，首先到最下面左侧的这块地图，任务是保护一个老人。从他家出来后会有大量敌人出现，不过我方也有支援，快到火车站时会出现一个特工，但现在特工对我们来说已经不构成威胁，可以尽情对付他。把老人送上火车后，本关结束。

第12关

到达下面右侧的地图，本关与上一关相似，也是保护任务，不过这次要保护的是一名女性。没有太多需要说明的，清理路上的敌人，到达目的地即可过关。

第13关

这一关同样是保护任务，但难度较高，因为需要保护的人经常暴露在外，生命值下降很快，大家务必要速战速决。

第14关

这关与其说是保护，不如说是并肩作战。清理完门口的杂兵后，剧情开始，你会看到一个特工被打飞。进屋后发现是一个中国人干的（中国功夫果然厉害！）。然后你需要和他打一场，不过很容易获胜。战斗结束后继续剧情，紧接着与他合作清理杂兵和特工，顺利过关。

第15关

这是保护任务中最艰难的一关。刚开始需要追赶警察，快到达顶楼时会出现30秒倒计时，必须在规定时间内到达顶楼。到顶楼后，需要与一个特工展开激烈战斗，打赢后即可过关。

第16关

为了节省篇幅，四个救援任务我会一起描述。首先是救一个长者（地图左下角），他被敌人包围，需要你想办法堵住敌人增援的入口。首先清理周围敌人，否则长者很快会被击倒。然后跳到敌人进入的门上方，破坏支架堵住门。接着乘电梯到起重机控制台，把长者送到右边的平台。此时敌人增援出现，还有一个携带火箭炮的敌人。坚持一段时间后触发剧情，然后回到起重机控制台，把火箭炮敌人的房间压垮。消灭敌人后过关，接着到地图右下角救老摩和催尼缔，过程中快速清理敌人。最后一个特工驾驶飞机攻击，迅速拿起地上的火箭炮击落飞机过关。

到地图右上角，消灭路上的杂兵后继续前进，找到需要救助的黑人，帮助他击退敌人后继续前行，清理一群敌人后，会有三个特工出现。特工不难对付，好好应对他们吧。

最后到达地图左上角救奈奥比，最初只有几个杂兵，很容易对付，随后三个特工出现，击败他们后，他们会再次出现。将这里的敌人与特工全部击败后过关，注意敌人会多次增援。

第17关

这关与塞拉夫的战斗非常有趣。首先在房间里进行对战，击败他一次后，会进入传统的中国武术"梅花桩"对决。需要注意的是，只有将他打下去才能削减他的生命值。接着，在电影院再次击败他，然后剧情推进过关。电影院的战斗部分相当有趣。

第18关

经典之战：NEO对抗多个史密斯。没什么特别技巧，只需尽情施展实力，坚持一段时间即可通关。

第19关

进入第一道门，这关设计得相当复杂。我代表广大玩家对制作者表示无奈，这关完全是在浪费时间。需要在四个空间中寻找正确的门。第一个空间的正确门在中间偏左的位置，第二个空间的门在进入后的位置后面。第三个空间的门需要等待一个女人帮忙打开。第四个空间的门在一个高台上。从第二个空间开始，会有红色蚂蚁干扰，只能用火焰攻击它们，而且似乎会不断出现，所以还是建议快跑。给大家一个小提示，按方向键上找门会更容易。

第二道门并不难，只是敌人比较强，多使用武器就能通过。最后有一个BOSS战，这个BOSS会瞬移，但并不算很强。

第三道门，进去就直接面对BOSS战，BOSS本身不强，关键是要保护一个女人，不能让她出事。打了一会儿，这个女人会来帮忙，击败BOSS后即可过关。

第20关

任务是保护携带钥匙的人，沿途会遇到史密斯的复制人，务必好好照顾MR KEY，走到终点后进入下半部分。在教堂中，出现大量复制人来袭，需要撑到MR KEY通知你才能离开。接着进入一个会议大厅，与对手对抗，直到能够离开，通关后本关结束。

第二十一关

随后，我们进入电影中的最终对决，NEO与史密斯展开了单打独斗。这一战并不难，NEO轻而易举地应对。之后，史密斯会变身成类似"变形金刚"的样子。尽管他是最后的BOSS，但实际上非常弱，只需一直向左飞行，看到屏幕提示按X键时按下X，多重复几次就能打败他，接着就迎来了结局。